近年の検索エンジンではJavaScriptで生成されたコンテンツをレンダリングし、インデックスすることができます。
よって、JavaScript によって生成されたページ内のリンクは、正常に実行されるJavaScriptであれば、リンクとして認識（評価）されます。
また、コンテンツも同様に評価され、JavaScriptで生成されたからといって、評価が下がることもありません。

ただし、静的なページよりは、時間がかかることは確実ですので、検索結果への反映も気長に待ちましょう。
また、Googlebotがレンダリングを行ってくれないこともあるので、サーチコンソールでレンダリング結果を確認することが可能です。

とはいえ、JavaScript によって生成されたページよりは、静的なページのほうが即効性があり、ましてや新しいコンテンツであるならトップページからのリンクの方が断然いいです。

補足ではありますが、GooglebotはJavaScript実行できます。
しかし、HTMLを取得した段階で実行するわけではなく、しばらく経って方ら（何度かクロールしてから？）処理されるようです。

一昔前は、JavaScriptなどでリンクやボタンなどでクリックでしか出現しないコンテンツはインデックスされないという認識でしたが、今ではGooglebotはリンクやボタンをクリックしたりプログラムを実行することができるまで高性能となっております。